Alita rzuca wyzwanie podniebnemu miastu Zalem i odnosi zwycięstwo. To jednak ma gorzki smak, gdyż dziewczyna-cyborg wpada w pułapkę zastawioną przez swego śmiertelnego wroga, profesora Desty’ego Novę... Jakiś czas później Alita budzi się w laboratorium. Nie pamięta, co się wydarzyło, wie tylko, że znajduje się w Zalem. Wkrótce okazuje się, że sytuacja w metropolii daleka jest od idealnej... W pogrążonym chaosie świecie przyszłości nasza bohaterka rusza w kolejną podróż. Dokąd tym razem zawiedzie ją los?