Atak całych hord Płomiennych i Zakonu Fioletowego Dymu sprawia, że walka w Netherze zmienia się w brutalną i okupioną licznymi ofiarami. Na drodze Shinry staje zdradziecki Dr Giovanni, który przez ciągłe modyfikacje własnego ciała przemienił się w prawdziwego potwora. Wróg opowiada o sekretach robaków i Adolli, a także misji Ewangelisty prowadzącej do zagłady świata. W tym samym czasie okazuje się, że manipulująca ciałami umarłych Ritsu planuje doszczętne zniszczenie Cesarstwa Tokijskiego. Fukcjonariusze SSP zostają przyparci do muru… Czy pozbawiona Maki Ósemka znajdzie sposób na wyjście z tej sytuacji?!