Neo Tokio po katastrofie to całkowicie inne miasto. Pośród ruin rządzi Wielkie Cesarstwo Tokijskie - nowe samozwańcze państwo złożone z chuliganów, morderców i awanturników uznających zwierzchnictwo Akiry i Tetsuo. Akira jest ich Oświeconym, bogiem - potrafi uzdrawiać, ale tak naprawdę jest tylko marionetką w rękach żądnego władzy Tetsuo. Sprzymierzeńcy z innych państw wschodu i zachodu udzielają ciągłej pomocy humanitarnej mieszkańcom Neo Tokio. Tymczasem do miasta przybywa grupa nurków - szpiegów z zewnątrz mających dowiedzieć się jak najwięcej o sprawcy całej tragedii, Akirze. Stają się świadkiem uzdrowienia przez Akirę jednego z jego wyznawców oraz zorganizowanego ataku bojowników Cesartwa na SB - kulę monitorującą armii. Chiyoko ratuje Kei przed bandą degeneratów mających chrapkę na jej dziewczęce wdzięki, potem obydwie kobiety wracają do swojej kryjówki, gdzie opiekują się ocalałymi dziećmi, numerami 25 i 27 - Kiyoko i Masaru nawiedzanymi przez okrutne bóle. Kiyoko informuje je o numerze 19, którym jest Wielka Miyako, założycielka Sekty Nowej Wiary przebywającej we wschodniej części miasta i zajmującej się pomaganiem ofiarom katastrofy - opieką chorymi, karmieniem głodnych, przygarnianiem bezdomnych. Kei ma się do niej dostać jak najszybciej. Dowodzący, prawa ręka Tetsuo, przyprowadza do chłopaka nowych ochotników do Gwardii Przybocznej Oświeconego. Tetsuo poddaje ich działaniu leku, który sam systematycznie zażywa. Eksperyment przeżywa tylko jeden z ochotników, jego moc jest najsilniejsza. Kei i Chyoko wybierają się do Wielkiej Miyako, w tym celu zaopatrują się w silny arsenał. Spotykają Ryu, który niestety obecnie nie ma w sobie nic z dawnego bojownika i bohatera, teraz piastuje tylko rolę zgorzkniałego pijaczka. Szpiedzy z zewnątrz są świadkami egzekucji na mężczyznie uznanym za zdrajcę sprawy Wielkiego Cesarstwa. Rozprawia się z nim na specjalnie do tego celu przygotowanej arenie osiłek dysponujący śladową mocą psioniczną podobną do tej jaką posiada Tetsuo i reszta numerów . Wędrująca po mieście ślepa wyrocznia powiadamia fanatyków Cesarstwa o szpiegach, teraz chmara bojowników rzuca się na nich. Szpiedzy zostają osaczeni przez Dowodzącego oraz faceta, który przed chwilą dokonał egzekucji. W starciu ginie jeden z agentów, drugiemu udaje się zabić siłacza i zbiec do podziemi, gdzie prowadzi go Ryu. Kei i Chiyoko dostają od Miyako lekarstwo na bóle numerów 25 i 27. Dowodzący sprowadza dla Tetsuo panienki do towarzystwa, ale chwile miłości przerywa nagła wizja z udziałem Kanedy, Akiry i Miyako, w której Tetsuo dryfuje samotnie w kosmosie trzymając w ręku medalion ze zdjęciem swojej matki. Zwłaszcza widok drwiącego Kanedy jest szczególnie dołujący...