Desmond Miles, główny bohater opowieści i ostatni z Asasynów, został uwięziony w nowoczesnym laboratorium doświadczalnym Templariuszy. Nieświadomie jest poddawany testom mającym na celu rozszyfrowanie tajemnic cennego dziedzictwo, którego jest kustoszem. Służy do tego Animus, wysokiej klasy urządzenie pozwalające przeglądać przeszłość przy użyciu pamięci genetycznej.

Desmond przenosi się w czasy rzymskich namiestników, do burzliwej misji Aquliusa, później ratuje przed śmiercią Tamira, a w końcu przenosi się w czasy Ezio, zabójcy z renesansu. Wszystkie te postaci są z przodkami Desmonda Milesa.

Pod koniec historii Desmond z pomocą Lucy unika dalszej infiltracji przez templariuszy i ucieka oprawcom. Kobieta prowadzi go do kolejnego laboratorium gdzie nasz bohater spotyka Pacjenta 16. W ostatniej scenie ponownie przenosi się w przeszłość, co wprowadza go w drugą część komiksu.