Desmond Miles, główny bohater opowieści i ostatni z Asasynów, został
uwięziony w nowoczesnym laboratorium doświadczalnym Templariuszy.
Nieświadomie jest poddawany testom mającym na celu rozszyfrowanie
tajemnic cennego dziedzictwo, którego jest kustoszem. Służy do tego
Animus, wysokiej klasy urządzenie pozwalające przeglądać przeszłość przy
użyciu pamięci genetycznej.
Desmond przenosi się w czasy rzymskich namiestników, do burzliwej misji
Aquliusa, później ratuje przed śmiercią Tamira, a w końcu przenosi się w
czasy Ezio, zabójcy z renesansu. Wszystkie te postaci są z przodkami
Desmonda Milesa.
Pod koniec historii Desmond z pomocą Lucy unika dalszej infiltracji
przez templariuszy i ucieka oprawcom. Kobieta prowadzi go do kolejnego
laboratorium gdzie nasz bohater spotyka Pacjenta 16. W ostatniej scenie
ponownie przenosi się w przeszłość, co wprowadza go w drugą część
komiksu.