I. Koniec roku 1944. Specjalny oddział nazistowskich badaczy i naukowców pod przywództwem Rosjanina Rasputina, twórcy Projektu Ragnarok, próbuje zmienić losy wojny nawiązując kontakt z demonami. Próba przywołania sił piekielnych kończy się fiaskiem... Pozornym fiaskiem. Przywołany demon pojawia w obozie angielskiego oddziału wojskowego, gdzie znajdują się również przewidujący zamiary nazistów członkowie Biura Badań Paranormalnych i Obrony (BBPO). Demon wygląda jak mały chłopiec, chłopiec z Piekła - Hellboy... Mija 50 lat. Hellboy, członek BBPO, spotyka się ze swoimi przybranym ojcem Trevorem Bruttenholmem, który właśnie powrócił z koszmarnej wyprawy na Arktykę, gdzie wraz z braćmi Cavendishami poszukiwał starożytnej świątyni, a znalazł... W czasie ich rozmowy nagle pojawiają się wszędzie żaby, a chwilę później Bruttenholm zostaje zamordowanych przez dziwacznego żaboczłowieka. Helboy stacza walkę z potworem w której z niemałym trudem zwycięża. Aby dowiedzieć się więcej o ostatniej wyprawie Bruttenholma udaje się wraz z Abem Sapienem, rybopodobnym człowiekiem i Liz Sherman, posiadającą zdolności pirokinetyczne, innymi członkami BBPO, do obłożonego klątwą dworu Cavendishów.

II. Na miejscu poznaje Emmę Cavendish, ostatnią żywą przedstawicielkę rodu Cavendish, matkę 3 synów, którzy wraz z Bruttenholmem wzięli udział w wyprawie. Mimo że matka nie wiele wie o ostatniej wyprawie synów, dzieli się z członkami BBPO opowieścią o klątwie związanej z założycielem rodu Cavendish - Elihu Cavendishem. Zgodnie z nią każdy męski potomek Cavendishów opuszcza dom i wypływa w poszukiwaniu 'czegoś' w Arktyce, na szczycie świata... Grupa Hellboya zatrzymuje się na noc w posiadłości Cavendishów, mając zamiar przeprowadzić dokładniejsze badania dworu. Ich uwagę zwraca lokaj Emmy, wyglądający jak jeden z zaginionych członków ostatniej wyprawy Cavendishów. Sapien wyrusza pod osłoną nocy spenetrować otaczające dwór jezioro. Tymczasem Hellboy w rozmowie telefonicznej dowiaduje się, że pokój Liz jest pełen żab... podobnie jak przed śmiercią Bruttenholma. Hellboy rzuca się partnerce na ratunek ale nim dociera na miejsce Liz znika. W pokoju pozostaje tylko dziwaczny lokaj, który okazuje się być kolejnym żabopodobnym monstrum. Wściekły Hellboy masakruje przeciwnika, po czym przeszukując posiadłość natrafia na martwą Emmę Cavendish, zabitą w ten sam sposób co Bruttenholm, przez żaboczłowieka. Nagle przed Hellboyem pojawia się postać Rasputina, tego samego który 50 lat temu sprowadził go na Ziemię, próbując zmusić HB do oddania mu hołdu i mówiącego coś o niezwykłych właściwościach jakie posiada kamienna prawa ręka HB. Opierający się HB zostaje oplątany mackami i wciągnięty pod powierzchnię dworu.

III. W mrocznych podziemiach dworu Cavendishów HB poznaje plany jakie względem niego ma Rasputin. HB ma dowodzić mrocznymi legionami, które uwolni Rasputin w czasie Ragnarok. Propozycja ta spotyka się ze zdecydowana odmową HB, który strzela Rasputinowi w łeb, zresztą bez widocznego skutku. Magiczne moce posiadane przez Rasputina natychmiast radzą sobie z uszkodzeniami spowodowanymi przez Hellboya. Rasputin widzi siebie jako tego, który wyzwalając przedwiecznego Węża Ogdru Jahad - Siedem Bestii, doprowadzi cała ludzkość do upadku. Opierający mu się HB po raz kolejny jest zmuszony zmierzyć się z wciąż rosnącym w siłę żaboczłowiekiem, eks - lokajem. Tym razem HB nie ma żadnych szans, leżąc pokonany u stóp Rasputina poznaje jego historię: od opuszczenia Rosji, przez jego studia nad czasem Ragnarok - Apokalipsą, współpracę z nazistowskimi Niemcami, aż po odnalezienie w lodach Arktyki starożytnej świątyni, tej samej której poszukiwali Cavendishowie, w której Rasputin odkrył potwornego Sadu Hema, strażnika siódemki Ogdru Jahad pozostawionego przez nich na Ziemi, potworną bestię, którą wykorzystując ostatnią wyprawę Cavendishów, przetransportował do ich posiadłości. To macki tej bestii wciągnęły HB w podziemia dworu i to ona zmieniła członków fatalnej wyprawy w żaboludzi. Rasputin zaś wykorzystał Bruttenholma, jedynego nie zmienionego w żaboczłowieka członka fatalnej wyprawy do odnalezienia i doprowadzenia do dworu Cavendishów Hellboya. Pokonany HB ma być świadkiem przywołania przez Rasputina, wykorzystującego energię znajdującą się w porwanej przez niego Liz Sherman, siódemki Ogdru Jahad i spełnienia czasu Ragnarok. Tymczasem Abe Sapien odkrywa w podziemiach dworu ciało założyciela rodu - Elihu Cavendisha i coś jeszcze...

IV. Rasputin, wykorzystując moc Liz, rozpoczyna bluźnierczą ceremonię przywołania siedmiokrotnego węża, podczas gdy żaboczłowiek próbuje ostatecznie pozbawić Hellboya życia. Resztką sił HB rozprawia się z monstrum rozrywając je na kawałki granatem zaczepnym. Niestety, Rasputin i moce którymi rozporządza są dla wykończonego HB zbyt silne. Okowy, którymi spętany jest Ogdru Jahad zaczynają pękać... Nagle Rasputin zostaje przebity harpunem wystrzelonym przez Abe'a Sapiena opętanego przez ducha Elihu Cavendisha, mszczącego się za zbrodnie popełnione na swym rodzie. Sapien ratuje nieprzytomną Liz, której pozbawione kontroli moce sieją spustoszenie w podziemiach, i razem z Hellboyem próbuje się wydostać z płonących katakumb. Osłabiony Rasputin jeszcze raz staje na drodze Hellboya, przestrzegając go, że z jego śmiercią zniknie szansa na poznanie przez Hellboya tego kim jest i sił które drzemią w jego kamiennej dłoni. Hellboy jednak ostatecznie zabija Rasputina i ucieka, w ślad za Sapienem i Liz, z walących się podziemi siedziby Cavendishów. Mroczny strażnik Sadu Hem zostaje spalony i przywalony ruinami eksplodującego dworu... Gdy ocaleli Abe i Liz odpoczywają na ruinach posiadłości Cavendishów, HB wciąż zastanawia się nad ostatnimi przestrogami Rasputina dotyczącymi jego przeznaczenia i drzemiących w nim sił... Gdzieś indziej tymczasem do życia zostają przywołani dawni współpracownicy Rasputina. To nie koniec projektu Ragnarok...