Madoka w końcu zmuszona jest stanąć twarzą w twarz z prawdą o tym, skąd tak naprawdę biorą się wiedźmy. Jednocześnie dowiaduje się, jaki los czeka każdą bez wyjątku dziewczynę, która zgodzi się zawrzeć kontrakt z Kyubeyem. W końcu przestaje on ukrywać prawdziwe motywy stojące za jego działaniami. Lecz jedna sprawa pozostaje nierozwiązana... Czy Madoka zawrze w końcu kontrakt i stanie się najpotężniejszą czarodziejką? A jeżeli tak, to czy zdoła uniknąć swego tragicznego przeznaczenia?