Madoka, Homura, Mami, Sayaka i Kyoko... Wszystkie czarodziejki są nareszcie jedną drużyną i wspólnie bronią miasta Mitakihara przed wiedźmami... Ale czy naprawdę jest tak, jak się wydaje? Homura jako jedyna zaczyna dostrzegać, że ze światem w które wszystkie żyją i walczą jest coś strasznie nie tak. Pytanie tylko, czy jest dostatecznie silna aby coś z tym zrobić? I czy będzie w stanie tak łatwo zrezygnować z życia, w którym w końcu ona i Madoka są nareszcie razem?