Wolverine powraca do Nowego Jorku, a jego tropem podąża tajemniczy oddział żołnierzy dysponujący zaawansowaną wojskową technologią. Żeby przeżyć i odkryć tożsamość napastników, Logan musi zdać się na dwóch superbohaterów – Spider-Mana i Daredevila! Tymczasem w Stanach Zjednoczonych coraz śmielej dochodzą do głosu rasizm, paranoja i uprzedzenia do mutantów. Prezydent postanawia zerwać związki z Charlesem Xavierem i powołać własną grupę mutantów, która będzie realizować jego polityczne cele. Na czele tego projektu staje Emma Frost, którą jednak łączy z Profesorem X więcej, niż mogłoby się wydawać…