Fabuła jest dość prosta. Bierzesz jednego złoczyńcę z galerii złoczyńców jednego uniwersum i złoczyńcę z drugiego, jednego bohatera z jednego świata i jedną grupę bohaterów z drugiego. Każesz im spiskować, aby przejąć miasto w jednym ze światów. Następnie bohaterowie spotykają się, aby skopać tyłek i pokonać złych. Proste i logiczne.

Komiks Batman/Wojownicze Żółwie Ninja to właściwie trzy historie. W pierwszej Żółwie i Splinter udali się do DC Universe, a dokładniej do Gotham City. Oprócz tego, że Żółwie znajdują się w Gotham, Shredder i Klan Stopy przeszli przez ten sam portal. Shredder ma nikczemne plany dotyczące swojego nowego domu i udaje mu się połączyć siły z tym, co zasadniczo jest jego sobowtórem w komiksach DC, Ra’s al Ghulem. Oboje są nieśmiertelnymi wojownikami, mistrzami sztuk walki i kontrolują tajną organizację ninja. Naturalnie Batman i Żółwie łączą siły, aby pokonać wrogów i sprowadzić wszystkich z powrotem do swoich wszechświatów.

Druga historia skupia się znowu na walce, tym razem na terenie Żółwi. Tu antagonistami są przeobrażony Baine, ale nie tylko walki stanowią oś fabuły. Ciekawe jest skupienie się na Donatellu i jego dążeniu do osiągnięcia siły. Nie chce on być dłużej żółwiem do wiecznego ratowania. Może i ma pomysły i gadżety, trochę słabsze niż Batman, ale czuje się źle, że właściwie musi ciągle liczyć na braci.

W trzeciej części Krang opanował dość niebezpieczną technologię tworząc multiwersum. Gdy ujawnia się prawdziwa moc Kranga, Batman i Żółwie muszą go powstrzymać, choć będzie to trudne, bo każdy z nich ciągle ma jakieś traumy z dzieciństwa. Cała piątka walczy klanem ninja dowodzonym przez brutalnego Laughing Mana (połączenie Shreddera i Jokera). Żeby było ciekawiej, sprzymierzeńcami w tej walce stają się dawni wrogowie jak choćby Klan Stopy. Ale Bruce’a nawiedzają dziwne sny i uczucia, że coś jest nie tak. Okazuje się, że wszystko jest ułudą. . Jedynym sposobem, aby obalić Kranga i ponownie oddzielić swoje wszechświaty, jest odkrycie przez Batmana i Żółwie tego, kim naprawdę są. Tylko to wróci obydwa uniwersa do normalności.