Sonic i Amy próbują rozgryźć złowrogi plan Doktora Eggmana, wykorzystując przeciwko niemu jego własną technologię! Tym razem Sonic staje do walki nie tylko z dobrze znanymi wrogami, lecz także nowym, nieprzewidywalnym sprzymierzeńcem Doktora Eggmana i ich wynalazkiem. Ale nawet Sonic nie może uciekać przed Wirusem zbyt długo!