Wojna między siłami Vegi i Goldorakiem jest już odległym wspomnieniem. Actarus i jego siostra wrócili na planetę Eufor, tymczasem Alcor i Venusia próbują prowadzić normalne życie na Ziemi. Wtem z najdalszych zakątków kosmosu przybywa najpotężniejszy z dotychczasowych golgotów: Hydragon. Gdy potwór z ostatniego gwiaździstego dywizjonu miażdży armie Ziemian, żądania ostatnich przedstawicieli imperium Vegi szokują całą planetę: pod groźbą całkowitej zagłady wszyscy mieszkańcy Japonii mają w przeciągu siedmiu dni opuścić swój kraj i pozwolić najeźdźcom na skolonizowanie archipelagu. W obliczu takiego ultimatum pozostaje tylko jedna nadzieja... Goldorak.