Rok 2029, Japonia. Ludzkość osiągnęła szczyt możliwości technicznych - po ulicach obok niejednokrotnie "ulepszonych" ludzi spacerują cyborgi, na każdym kroku można sobie coś wstawić, wszczepić, a roboty zastępują niemal wszystkie urządzenia. Wykorzystanie techniki pozwala nawet na stawanie się niewidzialnym, a nawet na porozumiewanie sie telepatyczne. Wszystkie te udogodnienia nie miały jednak żadnego wpływu na mentalność człowieka. Homo sapiens ciągle knują, kradną, mordują ku własnej uciesze i zyskowi i nie myślą tego zmienić. Właśnie do walki z takimi politycznie niepoprawnymi i społecznie wrednymi typami musi na codzień zmagać się urocza major Motoko Kusanagi (w 99% scyborgizowana - zostawiła sobie tylko mózg), dowodząca grupą szturmową antyterrorystycznej Sekcji 9. Poza nią samą z grupy warto wyróżnić jej dwóch kumpli - mocarnego i niezbyt inteligentnego Batou (też mocno zrobotyzowanego, choć nie w takim stopniu co pani major) oraz szlachetnego i mocno narwanego (a zarazem najmniej scyborgizowanego) Togusę. Nad nimi wszystkimi stoi szef Sekcji 9 - Aramaki, chytry i nieskorumpowany starzec, dbający o swoich podwładnych jak mało o co. Na wyposażeniu oddziału znajdują się Fuchikomy - wyposażone w sztuczną inteligencję roboty, pomocne zarówno w poskramianiu przestępców, ściganiu ich, jak i w misjach niejednokrotnie polegających na ochronie ważnych osób. Na drodze naszym bohaterom oprócz zwykłych mącicieli, bojówek terrorystycznych trudniących się hakerstwem, eksperymentami genetycznymi na ludziach czy kradzieżami supernowoczesnych organizmów cybernetycznych stają także zamieszani w nie mniej zbrodnicze działania skorumpowani politycy. Dlatego metody major Kusanagi i jej grupy są conajmniej niekonwencjonalne i brutalne, tak jak świat, w którym przyszło im żyć, a który to nie zmienił się i najwidoczniej nie ma zamairu nigdy się zmienić.