1. "Atak Anioła"

W roku 2000 w Atarktydę uderza meteoryt. Na skutek lokalnych konfliktów i klęsk żywiolowych liczebnosć ludzi spada o połowę. Rok 2015. Pojawiają się Anioły... Do Tokio-3 przybywa Sachiel. Jego oznaczenie to trzeci Anioł. Jest pierwszym, który przybył na ziemię po roku 2000. Nazywany jest również Aniołem Wody. Tego samego dnia do Kanto (Tokio-3) przybywa Shinji Ikari. Przyjeżdża na polecenie ojca (który porzucił go 10 lat temu). Osoba, która ma się z nim skontaktować to Misato Katsuragi. Shinji ma pewne domysły na temat jej i ojca... Wkrótce spotyka się z dziewczyną. Tymczasem Sachiel rujnuje miasto i ku zdumieniu wojskowych jest zupełnie nieczuły na używaną przez nich broń - pokazuje, że umie kąsać. Samochód, którym jedzie Misato i Shinji ulega wypadkowi. Misato doprowadza to do szału. Samochód już nadaje się do naprawy, a ona ma jeszcze 33 raty do spłacenia. Pojawia się Evangelion-01 (właciciel: NERV) pilotowany przez Rei Ayanami. Evangelion odciąga Anioła, ale zostaje pobity, a pilotująca go Rei nie nadaje się już do walki, a jedynie na stół operacyjny. Wojskowi postanawiają użyć broni ostatecznej - miny NN. Niestety jedynym skutkiem jej działania jest zniszczenie miasta - Sachielowi nic się nie stało. Kierowanie przejmuje Gendo Ikari. Jednocześnie na miejsce przybywa Shinji i Misato. Ritsuko Akagi oraz Kouzou Fuyutsuki wyrażają obawy co do bliskiej przyszłości. Gendo każe zrestartować Evangeliona-01, którego wcześniej pilotowała Rei...

2. "Ponowne spotkanie"

Misato z Shinjim dotarli szczęśliwie do Geo Frontu. Cóż każdy człowiek może się zgubić nawet we własnym domu. W efekcie obydwoje wałęsali się po poziomie 20 bez szans na szybkie zakończenie spaceru. W końcu spotkali się z Ritsuko Akagi, która pojechała specjalnie po nich. Zadecydowała, że przed spotkaniem z ojcem Shinji musi coś jeszcze zobaczyć. Misato dowiaduje się, że Anioł o imieniu Sachiel nie odniósł liczących się obrażeń dzięki Polu A.T., a według MAGI działa według własnego programu będąc właściwie organizmem żywym. Misato doprowadza do furii informacja o ponownym przygotowywaniu Evy-01 do walki. Według niej oznacza to kierowanie Rei Ayanami, dla której konsekwencje mogą być bardzo poważne. Po przybyciu na miejsce Shinij staje twarzą w twarz z Evą... i następuje długo oczekiwane spotkanie z ojcem. I chyba dla obu stron przebiega ono inaczej niż to sobie wyobrażali. Gendou każe Shinjemu wsiąść do Evy i walczyć z Aniołem. Shinji nie daje się przekonać i odmawia. Nie po to przybył do ojca, żeby dać się zabić. Gendo mówi synowi, że może się wynosić i dzwoni do Fuyutsukiego, aby obudził Rei. Lekarze przywożą na łóżku Rei (która ma pękniętą śledzionę, obojczyk i jest to początek listy jej obrażeń wewnętrznych), której nie można odłączyć od kroplówki. Stara się wstać na łóżku, co powoduje, że niemal płacze z bólu. W tym czasie Sachiel znalazł Geo Front...

3. "Numer 1 - akcja!"

W efekcie ataku Sachiela zaczynają spadać budynki, które dotychczas były zamocowane nad GeoFrontem. Odłamki uderzają niebezpiecznie blisko piramidy. Naruszone rusztowanie spada na łóżko Rei. Shinji jej pomaga, ale dziewczyna nie jest w stanie podjąć jakiegokolwiek działania. Trzymając ją w ramionach Shinji zaczyna dochodzić do wniosku, że jego upór nie poprawi stanu zdrowia Rei (która w międzyczasie zemdlała). Misato mówi Shinjemu, że nie przybył do GeoFrontu, żeby cieszyć się ze spotkania z ojcem, ale żeby walczyć... No chyba, że chce wydać wyrok skazujący na Rei? Gendou przerywa kazanie Misato i każe się decydować Shinjemu natychmiast. Shinji ma albo zasiąść w Evie, albo się wynosić. Shinji w końcu decyduje się pilotować Evę, co pochwala Ritsuko. Decyzja podoba się Gendou, ale Shinji na odchodnym patrzy na ojca wzrokiem, w którym nie ma miłości... Zdaje sobie sprawę, że dosyć szybko potrzebny będzie nagrobek z jego imieniem. Evangelion i Shinji zostają przygotowani do wystrzelenia na powierzchnię. Chłopak sam zostaje umieszczony w Entry Plug'u i zatopiony w LCL'u. Synchronizacja Shinjego z.... z bio-robotem przebiega nadzwyczaj dobrze, jak na pierwszy raz (dzięki tobie Yui). Misato ma wątpliwości czy postępują w porządku, ale Gendou twierdzi, że nie mają wyboru. Shinji staje na przeciwko Sachiela...

4. "Cisza"

Shinji stoi na przeciwko Sachiela... Musi przejść przyspieszony kurs pilotażu Evy. Udaje mu się zrobić kilka kroków, jednak jego postanowienia biorą górę i wykonuje samobójczy atak na Anioła. Zachowanie Evy dziwi Sachiela, ale dzięki unikowi Eva go mija... Shinji z impetem wpada na budynek (który nie wyszedł z tego bez szwanku). Sachiel decyduje się natychmiast to wykorzystać i podnosi Evę z ziemi. Jednak nie zamierza Shinjemu pomóc... Synchronizacja z Evą powoduję, że Shinji na własnej skórze odczuwa miażdżenie ramienia, dokonywanego przez Sachiela (swoja drogą dobrze, że synchronizacja nie była 100% bo Shinji straciłby rękę). Stwierdzenie Misato, że: "to nie jego ręka jest kaleczona", nie przynosi efektów. W Centrum Dowodzenia operatorzy z Ritsuko i Misato starają się pomóc Shinjemu, ale ich działania są spóźnione. Kiedy Sachiel wyłączył już lewe ramie z użytku bio-robota, przestrzelił także kilka razy głowę Evy, co spowodowało, że Shinji ponownie zaczął odchodzić od zmysłów. Nie wie czy jeszcze ma oko... W końcu Eva zostaje rzucona o budynek, zaś w Centrum Dowodzenia trwa panika. Rozkazy zostają zmienione i celem podstawowym jest wydobycie pilota, jednak Entry Plug'a nie można już wystrzelić. Wszystkie wykresy najpierw szaleją, a później Eva się wyłączą. Czy Shinji jeszcze żyje? A jeśli żyje, jaki jest jego stan? Nie wiadomo, ponieważ nie dochodzą żadne informacje o stanie pilota...

5. "To, co zobaczono w otchłani światła"

Shinji powoli otwiera oczy... Unosi się gdzieś... Wydaje mu się, że nareszcie wszystko się skończyło. Po chwili zauważa światło z którego wychodzi jego matka i bierze go w... Postać, która się pokazała ciemnieje gwałtownie... Shinji zaczyna krzyczeć o pomoc do matki (z którą się już spotkał drugi raz tego dnia) i ojca. Tymczasem w centrum dowodzenia wybuchła panika. Pomimo negatywnych odczytów i faktu, że Evangelion nie powinien nawet drgnąć, bio-robot samoczynnie się restartuje i przechodzi w tryb szału bojowego! Yui razem z Evangelionem zdecydowali się działać... I Eva z krzykiem atakuje Sachiela. Dzięki czemu trzecia runda walki z nim jest najbardziej wyrównana. Sam Sachiel jest ponownie mocno zdziwiony rozwojem sytuacji. W ramach obrony ponownie podnosi pole A.T. Yui/Eva atakują to pole, jednak okazuje się, że zmiażdżona wcześniej ręką jest bezużyteczna. I kiedy Misato, Ritsuko oraz operatorzy systemu MAGI myślą, że już nic więcej dziwnego się nie zdarzy... Eva leczy sobie zniszczony organ. W następnej chwili Evangelion wytwarza własne pole A.T. Dzięki temu udaje się mu zneutralizować pole Sachiela. Ostatni jego atak zostaje odparty. Yui skupia się na zniszczeniu organu S2. Sachiel zdaje sobie sprawę z tego, że to już koniec i popełnia "samobójstwo"... Dokonuje autodestrukcji w efekcie czego najbliższa okolica zostaje zniszczona, zaś na niebie widać eksplozję w formie krzyża... W centrum dowodzenia zapada martwa cisza, wszyscy się zastanawiają: czy to już koniec Evy i Shinjego? Po chwili jednak z pożarów wychodzi bio-robot i udaje się w końcu odzyskać z nim kontakt. Shinji zaś trzyma się dobrze, ale jest zupełnie oszołomiony...

6. "Ja płaczę"

Shinji ucieka... Nie widać czy coś go goni, ale on sam panicznie się czegoś boi. Nagle tuż przed nim wstaje ogromna postać z głową którą zobaczył w Entry Plug'u. Krzyczy... i okazuje się, że to był chyba tylko sen. Jak się okazuje chłopak jest w szpitalu gdzieą w Geo Froncie. W tym samym czasie okazuje się, że Gendou przeprowadza rozmowy z członkami Seele. Uważają oni, że jego Plan Dopełnienia Ludzkości może się odwlec poprzez przybycie Aniołów. Nie są również zadowoleni z tego, jakie sumy trzeba łożyć na wszystkie Evangeliony. Shinji oglądając wiadomości zdaje sobie sprawę z tego, że informacje, które się przekazuje ludziom są mocno ocenzurowane... Zaczyna się zastanawiać czy przygoda z Eva wydarzyła się naprawdę. Zauważa jadącą w łóżku Rei, ale nie wymieniają ze sobą żadnych uwag. Do łóżka podchodzi Gendou, który zauważa syna, ale nie ma mu nic do powiedzenia. Jego zachowanie zdecydowanie nie podoba się Misato. Pyta Shinji'ego ona o zdrowie, jak również o to, gdzie zamierza się teraz podziać. Pomysł, aby zamieszkał z ojcem zostaję przyjęty przez chłopca wyjątkowo chłodno... Miasto zdecydowanie nie podoba się zachowanie Shinjego. Uważa ona, że byłoby lepiej, aby się zmienił i w tym celu podejmuję błyskawiczne decyzję... której owocem będzie wspólne zamieszkanie Shinji'ego z Misato. Nie daje ona czasu na reakcję nikomu, kto może mieć na jej decyzję jakikolwiek wpływ. Obydwoje wyjeżdżają, choć Misato ma w planach jakąś imprezę z okazji przybycia nowego domownika. Mówi coś o współlokatorach... :))))))) Obydwoje zatrzymują się na tarasie widokowym, choć uwaga Shinji'ego trochę denerwuję Misato. Po chwili z spod ziemi zaczynają wysuwać się budynki schowane na czas walki z Aniłem. Misato gratuluje postawy Shinjemu, który mówi, że nie walczył dla takich spraw jak ludzkość czy Rei... co spotyka się z jej zrozumieniem. On sam nie może odżałować, że nie usłyszał tego, co powiedziała mu Misato od ojca, co powoduje, że puszczają mu nerwy...