7. "Zamykające się serce"

Misato w końcu przywiozła Shinjego do domu. W drzwiach ostrzega, że ma w domu bałagan... Jak się jednak zdaje, dla Shinjego to nie jest bałagan, ale syf-malaria. Na dłuższe poznawanie domu nie ma zbyt wiele czasu, ponieważ z lodówki (jednej z trzech u Misato: nr 1 - piwo; nr 2 - zakąski i słodycze; nr 3 - PenPen) wychodzi trzeci lokator - uwielbiający ciepłe kąpiele pingwin :))). Skoro jednak dotarł kolejny domownik należałoby wprowadzić podział obowiązków. Shinji zostaje wciągnięty w grę "kamień-papier-nożyce". Jej wynik nie jest najbardziej korzystny - spada na niego większość obowiązków. W szkole sytuacja jest nawet dosyć dobra. Uczniowie roznoszą jednak plotkę, że Shinji jest pilotem Evy co ten potwierdza. Dzięki temu znajduje się w centrum uwagi... co zdecydowanie nie podoba się Tojiemu. Między obydwoma dochodzi do męskiej rozmowy, która zostaje przerwana przez przewodniczącą klasy. Całą scenę ogląda Rei, która chodzi do tej samej klasy i która z oczywistych względów wywołuje niezbyt miłe uczucia u Shinjego. Ritsuko i Misato z pewnym zdumieniem zauważają, że Shinji przykłada się do nauki sterowania Evą...

8. "Nastroje Shinjiego"

Misato spędza czas w ulubionym miejscu po powrocie z pracy - czyli pod prysznicem. Shinji ma swoje zdanie na ten temat uwzględniając fakt, że drzwi od mieszkania były otwarte, zaś te od łazienki są półprzezroczyste... Na dobry wieczór przychodzi PenPen i jak się zdaje zastanawia, co ten facet robi w domu. Przy okazji porywa część zakupów i po otwarcie zajada się w najlepsze na barłogu Misato. Shinji ze zdumieniem odkrywa prowadzony na swój temat dziennik. W trakcie kolacji Misato jest w doskonałym wręcz humorze, w czym zdecydowanie pomogło jej piwo Yebisu. Ma wątpliwości czy Shinji nie miałby ochoty na odrobinę alkoholu, które ten rozwiewa. Shinji ma zamiar dowiedzieć co Misato myśli o nim jako o walczącym DZIECKU. Rola mięsa armatniego zdecydowanie mu nie odpowiada i kończy rozmowę. Na spacerze Shinji spotyka Tojiego i Kensuke. Toji z chęcią kontynuowałby przerwaną dyskusję z Shinjim, jednak przeszkadza mu w tym Rei Ayanami informując Shinjego o alarmie... Przybywa Shamshel...

9. "Maniakalna Gehenna"

Shinji zgodnie z przeznaczeniem zasiada w Evie. Misato na próbę nawiązuje z nim kontakt w Evangelionie, ale temu nie chce się odpowiadać. W tym czasie Shamshel dostał się już nad miasto, gdzie zorganizowany stosowny do potrzeb komitet powitalny. Fuyutsuki uważa to za niepotrzebne wydawanie podatków, które wszyscy wokół płacą. Kensuke razem z Toujim i resztą klasy trafiają do schronu. Kensuke sytuacja za bardzo nie odpowiada i wolałby zobaczyć, jak ten nowy da sobie radę w walce. Jego propozycja początkowo nie odpowiada Toujiemu, ale udaję się go przekonać do wyjścia. Kensuke jest szczęśliwy, że może zobaczyć Anioła, jednak Toujiemu on się nie podoba. Sam Shinji zostaje w końcu wystrzelony na powierzchnie, gdzie próbuje rozpocząć walkę. Niestety nie jest zbyt opanowany i strzela z karabinu tak długo aż nic nie widzi. I o ile jemu to przeszkadza, to Shamshel nie może tego o sobie powiedzieć. Tak jak poprzednim razem Shinji dostaje dosyć mocne razy od Anioła. Jednak obecnie sytuacja jest o tyle gorsza, że zostaje przecięty UMBILICAL CABLE. Eva z konieczności przechodzi w tryb awaryjny co oznacza, że gdyby tak Shinji się pośpieszył to byłoby dobrze. Jednak Shamshel nie zamierza czekać i wyrzuca Evę w powietrze. Touji uznaje, że miejsce w którym są z Kensuke może i było bezpieczne, ale Eva spada prosto na nich. Kensuke początkowo nie wierzy, ale szybko przyznaje Toujiemu rację. W Centrum Misato dowiaduje się, że Shinjemu nic się właściwie nie stało, i że natychmiast mógłby rozpocząć walkę. Jednak Shinji zauważa kolegów z klasy, którym to kolegom puściły wcześniej nerwy, a którzy mają więcej szczęścia niż rozumu - znajdują się pomiędzy palcami Evy a mają je na wyciagnięcie ręki... Właściwie należałoby odesłać Shamshela tam gdzie jego miejsce, ale Shinji musi jednocześnie uważać na Toujiego i Kensuke, dla których jeden niewłaściwy ruch oznacza zmiażdżenie. Przechwytuje on w końcu kolejny atak Anioła co powoduje topnienie warstwy dotykowej na rękach Evy.

10. "Nóż i chłopak"

Shinji cały czas trzyma Shamshelana dystans, ale czas leci i do wyłączenia Evy jest coraz mniej czasu. W końcu zaprasza obydwu kolegów do Evy co zdecydowanie nie podoba się Misato - nagle zaczyna interesować się przepisami. W końcu Eva nabiera możliwości manewrów. Misato jest minimalnie zadowolona z faktu, że Shinji raczył wstać, ale rozkazuje mu wycować się z walki. Shinji jednak uważa, że już raz zawiódł i na powtórkę nie ma ochoty. Wyjmuje nóż progresywny. W Centrum Dowodzenia jest to kolejne działanie nie zgodne z przewidzianymi na taką sytuację planami. Misato doprowadza to do szaleństwa i tak głośno jak tylko może nakazuje odwrót, co Shinji olewa. Przystępuje on do ataku chociaż Shamshel się chroni nadziewając Evę na swoje promienie. Reakcja Anioła powoduje spowolnienie działania Shinjego. Jednak ten przezwycięża ból i w końcu wbija nóż w organ S2. Po kilkudziesięciu sekundach Eva się wyłącza, zaś Shamshel umiera. Jednak Shinji jest nie pocieszony, bo zapełnienie może zrozumieć dlaczego to właśnie on musi walczyć...

11. "Zagubione trzecie dziecko"

Misato zdecydowanie się nie podoba niesubordynacja Shinjiego w trakcie walki z Shamshelem i idzie się z nim rozmówić. Stwierdza, że zachował się bardzo nie w porządku i, że byłoby dobrze gdyby pomyślał trochę w trakcie walki. Jednak całą dyskusja utwierdza Shinjiego w przekonaniu, że jest mięsem armatnim. Ostatecznie nie wraca do domu o czym Misato mówi Ritsuko. Ta zauważa, że Misato miała w tym wszystkim jakiś udział i, że trzeba zawiadomić o tym przełożonych. W szkole Toji udaje, że nie martwi się o Shinjego jednak Sazuhara prawie natychmiast zgaduje o co mu tak naprawdę chodzi. Radzi, żeby zapytał się Rei... która orientuje się, że o niej mówią. Misato zdecydowanie nie może znaleźć sobie miejsca w domu i jest bardzo zatroskana ucieczką Shinjego. On sam zaczyna zdawać sobie sprawę z tego, że ucieczka nie była najlepszym posunięciem i trafia na namiot. Okazuje się, że należy on do Sazuhary, który będąc otaku militariów bawi się w żołnierza. Dyskusja przebiega spokojnie i zostaje przerwana przez służby wewnętrzne Nerv'u. Shinji siedząc w jednym z pokoi kwatery głównej dochodzi do gorzkiego wniosku, że GeoFront zawszę już będzie tym miejscem, do którego będzie trafiać. Ma również pewne wyobrażenia na temat spotkania z Miasto... które zdecydowanie nie przystają do rzeczywistości. Misato prosi go żeby się zdecydował czy chce być pilotem czy nie. Shinji stwierdza, że o tą funkcję nikogo nie prosił i, że sytuacja nie uległa zmianie. Misato stwierdza, że skoro sytuacja wygląda tak a nie inaczej to cieszy się z faktu, że go poznała, ale niestety ma wracać do swojej poprzedniej rodziny... I zdecydowanie nie jest zadowolona z podjętej decyzji.

12. "Kształt łagodności"

Ritsuko informuje Komendanta o rezygnacji Shinjiego. Gendou nie jest tym specjalnie zaskoczony, ale martwi się brakiem Czwartego Dziecka. Ritsuko stwierdza, że w najgorszym przypadku podda się Shinjiego praniu mózgu i sprawa będzie załatwiona. Toji uważa, że Sazuhara mógł coś zrobić w sprawie kolegi... Ostatecznie nakazuje sprawdzenie sytuacji u Misato. W międzyczasie Ritsuko odbywa ostatnie spotkanie z Shinjim przypominając sobie przy okazji, że należy do organizacji wojskowej. W domu Misato jak tylko może stara się przekonać, że postąpiła prawidłowo. W drzwiach spotyka obydwu kolegów Shinjiego, którzy właśnie przyszli i zazdroszczą mu takiej przełożonej. Sazuhara dzieli się swoimi wnioskami na temat ostatniego zachowania Shijiego... a Misato zaczyna zdawać sobie sprawę z tego kim mogła się dla niego stać. Ponieważ jest jeszcze trochę czasu decyduje się pożegnać z Shinjim. Aida i Toji trochę żałują, że nie wzięła ich ze sobą. Na peronie Misato dogania swego byłego przełożonego i odsyła ochronę. Zdobywa się w końcu na szczerość wobec Shinjego i pyta się go czy wie dlaczego przygarnęła Pen Pena? Stwierdza, że zrobiła to z samotności, a to, że pozwoliła zamieszkać Shinjemu nie płynęło ze współczucia czy litości... On sam odnajduję w końcu kogoś kogo interesuje jego własne zdanie... Toji z Aidą przyjeżdżają w końcu taksówką na peron i ze smutkiem stwierdzają, że spóźnili się na pożegnanie bo pociąg właśnie odjechał. Kiedy przejeżdża okazuje się, że Misato przytula Shinjiego - co Toji z jakiś powodów uznaje za nieprzyzwoite - i zaprasza go z powrotem do domu.