13. "Biała blizna"

Skoro Misato dogadała się z Shinjim obydwoje mogą wracać do domu. Jednak zarówno Toji musi mu wytłumaczyć pewne kwestie dla porządku. Uważa że jego poprzednie uwagi dotyczące Shijego były zdecydowanie przesadzone i, że dla zachowania równowagi teraz on powinien zostać obity. Aida uważa to za kompromitację siebie i Tojiego, ale nie wtrąca się do dyskusji. Shinji jednak nie ma zamiaru bić kolegi i tłumaczy mu, że wygodniej dla niego będzie jak sam wybierze porę i miejsce zemsty. Idąc chodnikami Geo Frontu Misato nabija się z Shinjego, ale kończy kiedy wpadają na Rei Ayanami. Domyśla się ona, że zdecydował się on wrócić, ale ma mu za złe, że odebrał jej prawo do pilotowania obydwu Evangelionów. Misato tłumaczy Shinjemu, że Rei jest introwertyczną i nie należy po niej oczekiwać wylewności. W trakcie badań nad Shamshelem Ritsuko uważa, że Shinji nie spełnij jej oczekiwań. Te uwagi nie cieszą specjalnie Misato, która pyta jak idą badania. Wychodzi na jaw, że Shamshel był człowiekiem w takim samym stopniu jak Evangelion - niemal w stu procentach. Shinji nie jest z siebie specjalnie zadowolony kiedy zauważa, że znowu chowa się przed ojcem. Zauważa, że ojciec nie ma założonych rękawiczek, dzięki czemu widzi oparzenia. Misato wypytuje o to Ritsuko. Okazuje się, że przed przybyciem Shijego w trakcie prób Rei straciła panowanie nad Numerem Zerowym (Eva-00) i trzeba ją było katapultować. Ze względów bezpieczeństwa Evę oblano bakelitem, ale Gendou gołymi rękami otworzył rozgrzany Entry Plug i dostał się do rannej Rei. Ta stwierdziła, że nic jej się nie stało - ważniejsze jest wykonanie zadania.

14. "Zniekształcony pokój"

Na wf-ie Shinji myśli o tym czego dowiedział się o Rei, a raczej o tym, czego o niej nie wiadomo. Chłopcy chwilowo siedzą ponieważ dziewczyny pływają. Shinji kompromituje Tojiego na ich oczach i zauważa zupełny brak reakcji u Rei na kawał. Toji z chęcią zbiłby przyjaciela, ale ten mówi, żeby sobie dał spokój. W trakcie przygotowań do kolejnych testów Gendou wypytuje Rei o zdrowie i samopoczucie. Jest spokojna o przyszłość, ale Shinji zazdrości jej miejsca w sercu ojca. Myśli o niej cały czas, także w domu. Otrzymał on w miarę ludzki posiłek, jednak Pen Pen nie został tym razem dopieszczony i dostał tylko piwo. Rozmyślania Shinjego przerywa wyjście Misato, która nawet dla pingwina stanowi wspaniały widok, ale która chyba tylko ze względu na chłopaka nie wyszła w samym ręczniku na ramionach. Przy okazji daje mu przepustkę do kontroli i prosi o przekazanie drugiej Rei. Shinji ma co do tego ogromne wątpliwości, zaś Misato wyciąga pośpiesznie niewygodne dla niego wnioski. Następnego dnia Shinji orientuje się, że Rei mieszka sama; dzwonek do drzwi nie działa... Jedynie w pokoju jest porządek. Shinji zauważa okulary, które do wypadku należały do ojca. Po chwili Rei wychodzi w ręczniku z łazienki. Intruzowi pamiątka po "ojcu" wypada z rąk i trzeba je schować do pudełka. I dało by się to zrobić, gdyby nie chciał on wyjść zupełnie po omacku i jej nie przewrócił. Cały czas jest roztrzęsiony i nie bez trudności przypomina sobie po co tak naprawdę przyszedł. Po wyjściu Shinji jest z siebie zdecydowanie niezadowolony...

15. "W co wierzą czerwone źrnice"

Shinji nie może dojść ze sobą do ładu po ostatnim spotkaniu z Rei. Uważa, że stracił u niej wszystkie punkty, co miałoby jednak swoje dobre strony. Po drodze do Nerv'u dowiaduje się, że Rei ufa tylko i wyłącznie jego ojcu. Testy z Evą-00 idą właściwie dobrze, ale kiedy miałoby nastąpić przejęcie Evy przez pilota, okazuje się, że przybył właśnie kolejny Anioł. Shinji zgodnie ze swoimi oczekiwaniami nie doczekuje się jakichkolwiek słów wsparcia od ojca. Zostaje prawie natychmiast wystrzelony. Jednak Ramiel (lub Uriel) nie czeka na jego działanie i zejście z windy i natychmiast go atakuje. Shinji musi być w stanie krytycznym ściągnięty z powrotem. Misato natychmiast nakazuję poinformowanie oddziałów medycznych i sama idzie do swojego przełożonego.

16. "Porzucone wspomnienia"

W centrum dowodzenia Ritsuko robi co może, żeby uratować Shinjego zwłaszcza, ze ten zaczyna umierać. Nie bez trudności udaje się mu pomóc... W tym samym czasie Ramiel/Uriel wypuszcza żądło, które zaczyna się przewiercać przez kolejne warstwy Geo Frontu. Atrapa Evy-01 zostaje natychmiast zniszczona. Wkrótce jej los dzieli działo samobieżne, dzięki któremu udaje się jednak zebrać informacje na temat pola AT Ramiela. Misato dowiaduje się, że Eva-01 będzie gotowa do kolejnego działania, zanim Anioł się do kwatery głównej dowierci. Jednak Eva-00 jest właściwie bezużyteczna. Shinji odpoczywając po razach, które otrzymał od Uriela wspomina wujostwo i wkrótce budzi się. Jak na ironię wspomina matkę i pierwszą osobą, którą widzi jest Rei. Ta chce mu dać posiłek, ale Shinji twierdzi, że nie jest głodny. Misato wymyśliła w końcu, że Ramielowi trzeba przyłożyć raz a dobrze co jednak zaangażuje energetykę całego kraju... W tym czasie Uriel kontynuuje swoje prace...

17. "Wieczór przed decydującym starciem"

Rei informuje Shinjego o zbliżającej się misji z czego nie jest on specjalnie zadowolony. Na propozycje ponownej ucieczki nie odpowiada, ale obydwoje bardzo dobrze się rozumieją. Wkrótce na archipelagu zostaje ogłoszona informacja całkowitym wstrzymaniu dostaw prądu. Na miejscu Evangeliony są dostarczane na miejsce startu chwilowo bez pilotów. Mimo to Aida jest zachwycony i razem z Tojim życzą Shinjemu i Rei wszystkiego najlepszego. Odprawa na której jest Ritsuko z Mayą i Misato przebiega w grobowej atmosferze. Okazuje, że cała operacja to jedna wielka prowizorka na którą Shinji najbardziej narażony. Zgodnie z zapowiedziami na terenie kraju zostaje wprowadzone absolutnie odcięcie energii. Shinji zdobywa się w końcu na szczerą rozmowę z Rei i sam jest nieco zdziwiony swoją własną otwartością. Nadchodzi jednak czas na rozpoczęcie operacji...

18. "Decydująca walka"

Załadunek działa pozytronowego przebiega bez kłopotów. Jednak Uriel zaczyna zdawać sobie sprawę z zagrożenia i nie zamierza czekać. Strzał Shinjego i jego własny po zmianie toru wracają na poprzednią pozycję. Obydwaj pudłują ponieważ Ramiel odbił ładunek AT. Field sam zaś trafił w ziemię. Z konieczności Shjini stara się znaleźć jakieś lepsze miejsce do oddania kolejnego strzału i zyskania na czasie. Jednak zostaje uprzedzony i Uriel atakuje jako pierwszy. Rei stara się kupić Shinjemu kilka bezcennych sekund jednak jej tarcza topi się w przewidzianym czasie i zostaje trafiony. Shinji natomiast cały czas nie może kontrować...

19. "Pogrążony w mroku księżyc"

Tarcza trzymana przez Ayanami topi się prawie całkowicie i przyjmuję ona na siebie cały impet ataku. Jednak Shinji może w końcu oddać strzał co robi prawie natychmiast. W końcu przynosi on efekty i Ramiel zostaje pokonany. Shinji nie ma jednak czasu fetować zwycięstwa i tak szybko jak to tylko jest możliwe wydostaje się ze swojego Evangeliona. Otwiera nie bez trudności Entry Plug Rei i dostaje się do środka. Okazuje się, że nie odniosła ona zauważalnych ran co Shinjego bardzo cieszy. Rei nie całkiem jednak rozumie dlaczego on ponownie płacze i całkowicie nie wie jak się zachować. Shinji udaje się sprowokować Rei do uśmiechu. Jednak jest ona wtedy tak urocza, że nie jest w on stanie wyksztusić z siebie słowa. Jego zachowanie dziwi Rei, która zaczyna się martwić. Zostaje przez niego wyniesiona chociaż cała sytuacja trochę ją dziwi. Shinji prosi ją, żeby na przyszłość nie żegnała się przed walką. W końcu Rei zostaje zabrana do szpitala...