Przez całe lata agenci specjalni Fox Mulder i Dana Scully pracowali dla Archiwum X – tajnej komórki FBI, zajmującej się sprawami uznanymi za niewyjaśnione i powiązane z niewytłumaczalnymi zjawiskami.

Oboje w końcu opuścili swoje małe biuro i rozpoczęli nowe życie, ciesząc się spokojną anonimowością. Aż do teraz.

Kiedy wróg przeniknął sieć FBI i pozyskał poufne dane z akt Archiwum X, Skinner został zaatakowany, Scully porwana, a agent Doggett zaginął w akcji, Mulder musi ponownie wkroczyć na scenę. Nieoczekiwanie powraca również Palacz, który jest w posiadaniu istotnych informacji na temat wroga – tajemniczych akolitów. Rozpoczyna się nowa era. Era technologicznej paranoi, międzynarodowego niepokoju i pozaziemskiej groźby.