6 marca 2035 roku. Upłynęło cztery lata i pięć miesięcy od momentu, kiedy Motoko Kusanagi dokonała "połączenia" i opuściła dziewiąty oddział policji. Na pokładzie statku w pobliżu Ocean City Poseidon płynie tajemnicza kobieta, nazywająca siebie Motoko Aramaki. Pracuje jako szef dochodzeniówki w Mega Company, w ramach Poseidon Industrial Group i jest specjalistką do akcji antyterrorystycznych w dziedzinie bezpieczeństwa sieciowego. Kiedy Meditech Co. zostaje zmasakrowane przez terrorystów, Motoko wyrusza za nimi. To, co zobaczy, przerośnie jej wyobraźnię...