Kapitan statku podejmuje decyzję, by rozpocząć działania ofensywne i raz na zawsze wyeliminować zagrożenie ze strony pustelniaków. Na pierwszej linii frontu znów pojawia się Nagate Tanikaze, który niejednokrotnie dał dowód odwagi i zaangażowania, przez co zyskał miano bohatera.

Dlaczego jednak zdecydowano się wykorzystać również rezultaty makabrycznych eksperymentów naukowca, który w zamierzchłej przeszłości niemal doprowadził do unicestwienia Sidonii?