Największym utrapieniem osady Konoha-Gakure jest niesforny dwunastolatek Naruto Uzumaki, którego psoty stały się już legendarne. Nikt nie przypuszcza, że Naruto rozrabiając chce po prostu zwrócić na siebie uwagę i udowodnić swoją wartość - wychowywany bez rodziców, lekceważony przez rówieśników (dwanaście lat wcześniej legendarny wojownik, Czwarty Hokage, umieścił w ciele chłopca pokonanego lisiego demona o dziewięciu ogonach i wówczas mieszkańcy Konoha-Gakure odwrócili się od niego), marzy o zdaniu egzaminów na ninję i staniu się potężniejszym od samego Hokage. Jest mały problem - po raz kolejny z rzędu oblewa egzamin, przekreślając tym samym swoje szanse na realizację marzeń. Wówczas z odsieczą przychodzi instruktor ninjutsu, pan Mizuki, polecając Naruto ukradzenie sekretnego Zwoju Pieczęci, z którego będzie mógł nauczyć się opisanych w nim technik ninjutsu, bez problemu zaliczając egzamin. Chłopiec niezwłocznie przystępuje do działania. Kradnie zwój i zaszywa się w pobliskim lesie, przyswajając sobie jedną z zawartych na pergaminie technik - technikę "podziału cienia". Nie podejrzewa jednak, że Mizuki zlecając mu kradzież, kierował się całkowicie prywatnymi pobudkami. Wszyscy ninja zostają postawieni w stan alarmowy, ruszając w pościg za dwunastolatkiem, ale znajdują go tylko Mizuki i Iruki (wychowawca Naruto z akademii ninja). Mizuki rzuca się podstępnie na Irukiego, ciężko go raniąc, a potem próbuje zmusić Naruto do oddania mu cennego pergaminu. Iruki ostrzega chłopca, iż Zwój Pieczęci, który zawiera zakazane techniki ninjutsu, nie może dostać się w niepowołane ręce. Mizuki rewanżuje się za to zdradzeniem dla Naruto najpilniej strzeżonej tajemnicy wioski o groźnym lisim demonie drzemiącym w jego ciele. Podstępny ninja osiąga jednakże skutek odwrotny do zamierzonego - bohater za pomocą techniki "podziału cienia" nokautuje go, zyskując tym samym uznanie w oczach Irukiego. Wychowawca nagradza go zaliczeniem egzaminu i wręcza specjalną opaskę świadczącą o uzyskaniu statusu ninja. Trochę później, podczas obowiązkowej rejestracji ninja, Naruto poznaje Konoha-Maru, rozkapryszonego wnuka Hokage Trzeciego, który bezskutecznie próbuje zyskać uznanie wśród wojowników wyższych stopniem, marząc o staniu się Hokage. Bohater uczy go niezawodnej techniki seksapilu (patent Naruto ;)), rozprawia się z jego nadgorliwym korepetytorem, a potem oświadcza, że od teraz są rywalami i kiedyś zmierzą się ze sobą o tytuł Hokage... Mimo wielkich słów, Naruto ma przed sobą jeszcze wiele nauki. Jego i innych młodych ninja czekają ważne próby. Bohater, tworząc przymusowy zespół z Sakurą Haruno (Naruto podkochuje się w niej, lecz bez wzajemności) i ze znienawidzonym odludkiem Sasuke Uchiha (to w nim zakochała się Sakura), bierze udział w cyklu treningowym przygotowującym do zostania ninja wyższymi rangą. Bezwzględny i surowy instruktor, jonin Kakashi Hatake, wyznacza im pierwsze zadanie. Polega ono na odebraniu mu dzwoneczków - dzwoneczki są dwa, więc zwycięzców też może być maksymalnie dwóch, zaś przegrany odpada i nie dostaje posiłku. Naruto dzielnie atakuje Kakashiego, ale przytłoczony sprytem dorosłego ninja szybko zostaje schwytany w pułapkę. Sakura mdleje pod wpływem krwawych mistyfikacji nauczyciela i w zasadzie jedynym godnym przeciwnikiem okazuje się Sasuke, jednak i on zostaje wkrótce zrównany z ziemią (dosłownie!). Po wielkiej klęsce adeptów, jonin oświadcza, że cała trójka może pożegnać się na zawsze z ninjutsu!