Podczas ucieczki z Zakładu Karnego, Szczur zostaje ciężko ranny. Uratować go może tylko szybka interwencja lekarska, a jedyny odpowiednio wyposażony szpital znajduje się na terenie No.6. Shion postanawia przedrzeć się do miasta, korzystając okazji, iż opanował je zupełny chaos. Ludzie protestują, domagając się od władz szczepionki na tajemniczą chorobę, która zabija coraz więcej mieszkańców. Obywatele No.6 nie wiedzą bowiem, że przyczyną tych nieszczęść jest pradawna istota, która właśnie odzyskała wolność i całą swoją potęgę. Czy możliwe jest jeszcze powstrzymanie nadchodzącej katastrofy?